Estamos en un mundo fantástico llamado Gaia, en el cual hay 4 naciones gobernantes. El rey Cid de la nación de Lindbulm, tierra de nuestro heroe Zidane, ha decidido raptar a la hija de la reina Brahne del reino de Alejandria como medida ante los ataques de su reino hacia los demás pueblos vecinos. La reina Brahne parece haber enloquecido pues nunca antes habia hecho nada semejante.

El rey Cid contrata a un grupo de ladrones para llevar a cabo el rapto de la princesa Garnet para asi poder negociar la paz con el reino de Alejandria. Tras llevar a cabo el rapto de la princesa, la misma Garnet decide unirse a la causa del reino de Lindblum para averiguar que le está pasando a su madre.Con Garnet siempre va el caballero Steiner encargado de la protección de la princesa que tambien accede a unirse a Zidane. Pero cuando la reina se entera del rapto envia rápidamente a un ejercito de magos negros, muy temidos y respetados en todo Gaia. Cuando todo parece perdido entra en escena Vivi Ornitier, un joven mago negro que no está a las ordenes de Brahne y ayuda a escapar al nuestros heroes uniendose tambien a ellos.